История компании начинается в октябре 2003, когда был создан Центр по перевозке грузов в контейнерах «ТрансКонтейнер» — филиал ОАО «РЖД». В марте 2006 года филиал был преобразован в ОАО — дочернюю компанию ОАО «РЖД». Хозяйственную деятельность компания начала 1 июля 2006 года.
Парк компании насчитывает 23 000 железнодорожных платформ и 177 000 контейнеров. Также компания обладает 47 контейнерными терминалами на территории России. «ТрансКонтейнер» осуществляет координацию перевозок по Евроазиатскому контейнерному мосту и Транспортному коридору «Север-Юг».